Computational metabolomics
ArraySoftware voorspelt of molecuul iets uitricht tegen kanker
In de VS is software ontwikkeld die voorspelt of toediening van bepaalde ‘kleine’ moleculen de groei van tumoren kan remmen. Bij leukemiecellen in een petrischaaltje bleken de voorspellingen bijna altijd te kloppen, zo schrijven onderzoekers van het Georgia Institute of Technology in het open-accesstijdschrift Molecular Cancer.
De onderzoekers hopen op deze manier kankermedicijnen te kunnen vinden, waar niemand ooit op zou zijn gekomen.
De methode berust op de waarneming dat bepaalde metabolieten (afbraakproducten van cellen) de expressie van sommige genen beïnvloeden. Bij tumorcellen is die expressie anders dan bij gezonde cellen. Je mag dus ook verwachten dat de concentratie van die metabolieten afwijkt. De laatste stap in deze denkrichting is dat tumoren er niet tegen kunnen als je ze extra metabolieten ‘voert’.
Uit de gemeten expressieverschillen valt af te leiden welke eiwitconcentraties in een tumor hoger moeten zijn, of juist lager. De ‘CoMet’-software (de afkorting staat voor computational metabolomics) kan dan voorspellen wat hiervan de gevolgen zijn voor de metabolietconcentraties.
De onderzoekers hebben inmiddels een kweek van Jurkat T-leukemiecellen blootgesteld aan negen metabolieten, die er volgens CoMet nauwelijks moesten voorkomen. Alle negen bleken ze inderdaad de celgroei te remmen.
Elf andere metabolieten zouden volgens CoMet in gelijke of hogere concentraties dan normaal in de kankercellen moeten zitten. Daarvan bleken er inderdaad slechts twee de celgroei significant te remmen.
bron: BioMed Central, exploremagazine.nl
