Eiwit-DNA interacties modelleren met de computer

Promovendus Marc van Dijk heeft een computermodel uitgebreid om de interactie tussen eiwitten en DNA beter te kunnen bestuderen. De interactie tussen eiwitten en DNA is van cruciaal belang voor het goed functioneren van een cel. Wanneer een eiwit niet meer in staat is om zijn functie te vervullen kan dit leiden tot ziektes, zoals kanker.

De wetenschap maakt steeds meer gebruik van computerprogramma’s om de interactie tussen eiwitten en DNA op een gedetailleerd niveau te bestuderen, door het eiwit-DNA-complex te voorspellen. De kennis die hieruit voortvloeit, kan gebruikt worden om gericht nieuwe medicijnen te ontwikkelen. Dit computergestuurd puzzelproces, ook wel ‘docken’ genoemd, is niet eenvoudig. Het is niet altijd bekend hoe de puzzelstukjes in elkaar passen en wanneer dit eenmaal is opgelost, passen de stukjes vaak alleen goed in elkaar als ze eerst van vorm veranderen.

Van Dijk heeft dit probleem aangepakt door het populaire, in Utrecht ontwikkelde dockingprogramma HADDOCK uit te breiden. HADDOCK maakt gebruik van allerlei experimentele informatie over de interactie, waardoor de puzzelstukjes beter in elkaar kunnen worden gepast. Verder stelt het programma het eiwit en DNA ook in staat licht van vorm te veranderen.

Voor het DNA is deze vormverandering echter niet voldoende. Om dit proces efficienter te maken heeft Marc van Dijk het programma 3D-DART ontwikkeld waarmee DNA-modellen gemaakt kunnen worden. Nieuwe DNA-modellen kunnen worden gemaakt op basis van initiele dockingresultaten tussen eiwit en DNA. Deze DNA-modellen beschrijven beter de vorm van het DNA in het uiteindelijke complex. Deze worden in een tweede dockingronde gebruikt om het uiteindelijke complex te vormen. Deze methode is succesvol toegepast op een grote collectie eiwit-DNA-complexen en is momenteel de enige dockingmethode die op zo’n grote schaal overweg kan met vormveranderingen in eiwit-DNA complexen.

08-02-2010, 12:45 uur , Academiegebouw, Domplein 29, Utrecht. Marc van Dijk, Scheikunde Proefschrift: Modelling protein-DNA interactions: bend and twist until it fits Promotor 1: Prof. dr. A.M.J.J. Bonvin Promotor 2: Prof. dr. R. Boelens

Bron: UU

Redactie Medicalfacts/ Janine Budding

https://www.medicalfacts.nl

Ik heb mij gespecialiseerd in interactief nieuws voor zorgverleners, zodat zorgverleners elke dag weer op de hoogte zijn van het nieuws wat voor hen relevant kan zijn. Zowel lekennieuws als nieuws specifiek voor zorgverleners en voorschrijvers. Social Media, Womens Health, Patient advocacy, patient empowerment, personalized medicine & Zorg 2.0 en het sociaal domein zijn voor mij speerpunten om extra aandacht aan te besteden.

Ik studeerde fysiotherapie en Health Care bedrijfskunde. Daarnaast ben ik geregistreerd Onafhankelijk cliëntondersteuner en mantelzorgmakelaar. Ik heb veel ervaring in diverse functies in de zorg, het sociaal domein en medische-, farmaceutische industrie, nationaal en internationaal. En heb brede medische kennis van de meeste specialismen in de zorg. En van de zorgwetten waaruit de zorg wordt geregeld en gefinancierd. Ik ga jaarlijks naar de meeste toonaangevende medisch congressen in Europa en Amerika om mijn kennis up-to-date te houden en bij te blijven op de laatste ontwikkelingen en innovaties. Momenteel ben doe ik een Master toegepaste psychologie.

De berichten van mij op deze weblog vormen geen afspiegeling van strategie, beleid of richting van een werkgever noch zijn het werkzaamheden van of voor een opdrachtgever of werkgever.