PAMM zet volgende stap in strijd tegen bacterie?n
Array
Laboratorium microbiologie schaft derde generatie sequence apparaat Ion Torrent aan
Stichting PAMM is als eerste diagnostisch laboratorium in Nederland in het bezit van de Ion Torrent. Met dit derde generatie DNA sequence-apparaat kan de genetische code van een bacterie binnen enkele uren worden ontcijferd. ‘Door de aanschaf van de Ion Torrent, kunnen wij bij een (ziekenhuis)uitbraak de verantwoordelijke bacteriestam voortaan veel beter en sneller typeren’, aldus dr. Jeroen van de Bovenkamp, moleculair bioloog bij stichting PAMM. ‘De bron van de uitbraak is sneller en specifieker te achterhalen. Het geeft ons als regionaal, epidemiologisch infectieziekten laboratorium de mogelijkheid eerder en meer adequaat in te grijpen.’
Specifiekere typering
Zoals bekend dragen niet alleen mensen maar ook bacterie?n erfelijke eigenschappen in zich. Nog niet lang geleden kostte het ontcijferen van die genetische code jaren tijd. Het sequence apparaat Ion Torrent achterhaalt die code binnen enkele uren. Van de Bovenkamp: ‘Wanneer we nu bij een uitbraak monsters afnemen van patie?nten, kunnen we niet alleen achterhalen tot welke groep deze bacterie hoort -die de persoon bij zich draagt- maar deze zelfs tot op individueel niveau identificeren.’
Verspreiding voorkomen
Dat maakt dat de typering van een bacterie veel specifieker kan plaatsvinden. ‘Indien bijvoorbeeld patie?nt A en B een VRE-bacterie bij zich dragen, kunnen we voortaan nagaan of deze twee bacterie?n wel of niet gelijk zijn op individueel niveau. Indien ze identiek zijn, zou er sprake kunnen zijn van overdracht. Dat kan van eenzelfde bron of door overdracht van de ene naar de andere persoon ontstaan zijn. Dat maakt dat we sneller en adequater maatregelen kunnen nemen zoals brononderzoek. Daarmee kan verdere verspreiding voorkomen worden’, aldus Van de Bovenkamp.
Derde generatie sequencen
De ION Torrent behoort tot de zogenaamde derde generatie sequence apparaten. Net als bij een digitale camera waarbij de pixels met behulp van licht worden omgezet in digitale informatie, vindt eenzelfde proces ook bij de Ion Torrent plaats. Door het waarnemen van kleine stroomveranderingen kan DNA- informatie, middels een chip, binnen enkele uren worden ontcijferd.
Databank aan informatie
Met behulp van de Ion Torrent zal het microbiologisch laboratorium van PAMM een databank aanleggen van typeringsresultaten van multiresistente bacterie?n en virussen. Zo kan, net als bij een misdaad, door het vergelijken van een typeringsresultaat van een mogelijke besmettingsbron middels de databank worden nagegaan of deze al eerder is waargenomen. Te denken valt aan de Vanco Resistente Enterokok (VRE) of andere bacterie?n zoals Multi Resistente Stafylokokkus Aureus (MRSA) en de Extended-spectrum be?ta-lactamasebacterie (ESBL).
