Utrechtse onderzoekers ontwikkelen methode voor het identificeren van zeldzame cellen

Onderzoekers van het Hubrecht Instituut, het Universitair Medisch Centrum Utrecht en de Universiteit Utrecht hebben een nieuwe methode ontwikkeld voor het identificeren van zeldzame celtypen met single-cell mRNA sequencing. Met behulp van het nieuwe algoritme, genaamd RaceID, kunnen zeldzame celtypen in gezond en ziek weefsel gemakkelijker geïdentificeerd worden. Het onderzoek is op 19 augustus online gepubliceerd op de website van Nature.

Om goed te begrijpen hoe een orgaan werkt, is het belangrijk om alle kenmerken van verschillende celtypen binnen een orgaan te begrijpen. Onderscheid maken tussen verschillende celtypen wordt gedaan door het meten van genexpressies. Met de opkomst van advanced single-cell mRNA sequencing kunnen duizenden genexpressies van een cel gemeten worden. Op deze manier kan een vingerafdruk van een cel gemaakt worden, het genexpressieprofiel, genaamd een transcriptoom.
Echter, de expressie van een gen binnen een cel kan erg variëren en de experimentele procedure om het transcriptoom te sequencen zorgt voor nog meer variatie. Dit maakt het erg moeilijk om celtypen te identificeren, met name zeldzame celtypen die weinig voorkomen in een orgaan. Terwijl juist dit belangrijk is voor een beter begrip van ziek en gezond weefsel, omdat zeldzame celtypen een belangrijke functie binnen een orgaan kunnen hebben. Zo zijn stamcellen, die de basis zijn van alle celtypen binnen een orgaan, over het algemeen zeldzaam.

RaceID

De Utrechtse onderzoekers hebben, onder leiding van Alexander van Oudenaarden, hoogleraar Kwantitatieve biologie van genregulatie aan het UMC Utrecht en de Universiteit Utrecht en algemeen directeur van het Hubrecht Instituut, een algoritme ontwikkeld dat zeldzame cellen identificeert in complexe celpopulaties. Dit algoritme, genaamd RaceID, hebben de onderzoekers gebruikt om gekweekte mini-darmen (organoids) te onderzoeken. In deze organoids ontdekten de onderzoekers een nieuwe subpopulatie van hormoonproducerende darmcellen. Deze enteroendocrine cellen zijn belangrijk voor darmhomeostase en zijn derhalve cruciaal voor de spijsvertering van de darm.
In de toekomst kan RaceID gebruikt worden om zeldzame celtypen en hun markergenen te ontdekken. Door alle celtypen te kennen van biologische systemen, zoals organen, krijgen we meer inzicht in hoe deze systemen werken. Daarmee kan een basis gelegd worden voor de behandeling van ziekten.

Bron: UMC Utrecht

Redactie Medicalfacts/ Janine Budding

https://www.medicalfacts.nl

Ik heb mij gespecialiseerd in interactief nieuws voor zorgverleners, zodat zorgverleners elke dag weer op de hoogte zijn van het nieuws wat voor hen relevant kan zijn. Zowel lekennieuws als nieuws specifiek voor zorgverleners en voorschrijvers. Social Media, Womens Health, Patient advocacy, patient empowerment, personalized medicine & Zorg 2.0 en het sociaal domein zijn voor mij speerpunten om extra aandacht aan te besteden.

Ik studeerde fysiotherapie en Health Care bedrijfskunde. Daarnaast ben ik geregistreerd Onafhankelijk cliëntondersteuner en mantelzorgmakelaar. Ik heb veel ervaring in diverse functies in de zorg, het sociaal domein en medische-, farmaceutische industrie, nationaal en internationaal. En heb brede medische kennis van de meeste specialismen in de zorg. En van de zorgwetten waaruit de zorg wordt geregeld en gefinancierd. Ik ga jaarlijks naar de meeste toonaangevende medisch congressen in Europa en Amerika om mijn kennis up-to-date te houden en bij te blijven op de laatste ontwikkelingen en innovaties. Momenteel ben doe ik een Master toegepaste psychologie.

De berichten van mij op deze weblog vormen geen afspiegeling van strategie, beleid of richting van een werkgever noch zijn het werkzaamheden van of voor een opdrachtgever of werkgever.