Delftse studie naar 3D-structuur DNA interessant voor hersen- en kankeronderzoek

Nieuwe inzichten in de structuur van DNA bieden aanknopingspunten voor een betere aanpak van hersenaandoeningen en kanker. Sepideh Babaei promoveerde op vrijdag 30 oktober op dit onderwerp aan de TU Delft.

3D-structuur
Recente technologische ontwikkelingen hebben het mogelijk gemaakt om ook de 3D-structuur van DNA in kaart te brengen, in plaats van alleen de lineaire opbouw.

In het onderzoek van promovenda Sepideh Babaei van de TU Delft zijn nieuwe inzichten over die 3D-structuur gecombineerd met bestaande data over genetische mutaties en genactiviteit en vervolgens statistisch geanalyseerd.

Het menselijke DNA is, in uitgevouwen toestand, ongeveer twee meter lang. Het bevindt zich strak samengepakt in de celkern. Maar omdat het 2 meter lange DNA zit opgevouwen in de celkern, kunnen genen die lineair op enorme afstand liggen, in de 3D-structuur toch dicht bij elkaar liggen. Babaei laat zien dat dit belangrijk is voor de invloed van mutaties op genen en de activiteit van deze genen. De kans blijkt groot dat mutaties die – lineair gezien – ‘ver weg’ liggen toch een effect hebben op genen, door gebruik te maken van de 3D-vouwing van het DNA.

Hersenonderzoek
Dit Delftse onderzoek, onder leiding van bio-informatici dr. Jeroen de Ridder en prof. Marcel Reinders, is een van de eerste dat de 3D-organisatie van het DNA in ogenschouw neemt bij het analyseren van de activiteit van genen. Er werd hiervoor een nieuw algoritme ontwikkeld om lange afstandsinteracties tussen genen in kaart te brengen.
De bevindingen bieden nieuwe inzichten over de mechanismen die genactiviteit regelen. Dit is belangrijk voor onderzoek naar hersenaandoeningen, zoals Alzheimer en migraine. Het LUMC, waarmee voor dit onderzoek werd samengewerkt, kan daarom van deze resultaten profiteren.

Tumoren
De belangrijkste onderzoeksfocus lag op kanker. De onderzoekers van de TU Delft werkten dan ook samen met het Nederlands Kanker Instituut. Kanker is een complexe ziekte, die het gevolg is van veranderingen in de genen die betrokken zijn bij celgroei en celdeling. Het identificeren van deze genen, en beschrijven hoe deze de functies van de cel beïnvloeden, is dan ook de belangrijkste uitdaging in kankeronderzoek. Omdat kanker een ziekte is met complexe oorzaken, is het voor een volledig begrip noodzakelijk om verschillende soorten data te integreren. Het onderzoek van Babaei levert hier een bijdrage aan en laat zien dat genen die eerder niet relevant leken bij het ontstaan van tumoren, dat wel zijn, en andersom.

Nature Communications publicatie (2015) ‘3D hotspots of recurrent retroviral insertions reveal long-range interactions with cancer genes’.

Bron: TU Delft

Redactie Medicalfacts/ Janine Budding

https://www.medicalfacts.nl

Ik heb mij gespecialiseerd in interactief nieuws voor zorgverleners, zodat zorgverleners elke dag weer op de hoogte zijn van het nieuws wat voor hen relevant kan zijn. Zowel lekennieuws als nieuws specifiek voor zorgverleners en voorschrijvers. Social Media, Womens Health, Patient advocacy, patient empowerment, personalized medicine & Zorg 2.0 en het sociaal domein zijn voor mij speerpunten om extra aandacht aan te besteden.

Ik studeerde fysiotherapie en Health Care bedrijfskunde. Daarnaast ben ik geregistreerd Onafhankelijk cliëntondersteuner en mantelzorgmakelaar. Ik heb veel ervaring in diverse functies in de zorg, het sociaal domein en medische-, farmaceutische industrie, nationaal en internationaal. En heb brede medische kennis van de meeste specialismen in de zorg. En van de zorgwetten waaruit de zorg wordt geregeld en gefinancierd. Ik ga jaarlijks naar de meeste toonaangevende medisch congressen in Europa en Amerika om mijn kennis up-to-date te houden en bij te blijven op de laatste ontwikkelingen en innovaties. Momenteel ben doe ik een Master toegepaste psychologie.

De berichten van mij op deze weblog vormen geen afspiegeling van strategie, beleid of richting van een werkgever noch zijn het werkzaamheden van of voor een opdrachtgever of werkgever.