Computer vindt nieuwe medicijnen
ArrayEen nieuw softwarepakket gebruikt machine learning bij het zoeken naar nieuwe medicijnen. Het gaat om software waarmee de zoektocht naar nieuwe geneesmiddelen waarschijnlijk een stuk sneller kan worden afgelegd. Wetenschappers van de MIPT Research Center voor moleculaire mechanismen van veroudering en verouderingsziekten heeft samen met Inria onderzoekscentrum, Grenoble, Frankrijk een softwarepakket, genaamd Knodle, ontwikkeld.
Breng een aantal quantumchemici bij elkaar met kennis van alle mogelijke hybridisaties van atomen en laat machine learning los op verbindingen van bindingen tussen atomen. En start met het berekenen van de configuratie van een molecuul, om te bepalen of een atoom hybridisatie, een verbindingen en functionele groepen moleculen van waarde kunnen zijn als medicijn. Het programma stroomlijnt daardoor een van de fasen van de ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen. Een paper over de nieuwe ontwikkeling is gepubliceerd in het Journal van chemische informatie en modellering.
De onderzoekers gebruiken een enorme database van stoffen. Ze voedden de software met 7605 stoffen. Daarvan waren de toestanden en ruimtelijke structuur precies bekend. Op zoek naar die ene speld in de hooiberg. Het programma gebruikte deze stoffen om de regels rond quantumchemie te leren. Met succes: volgens de betrokken onderzoekers is hun software nu beter dan bestaande pakketten. ‘We halen een foutenmarge van 3,9 %, terwijl concurrenten op 4,7 % zitten’, aldus de betrokken onderzoekster Maria Kadukova in een persbericht (‘Computer taught to intuitively predict chemical properties of molecules’).