Ongeveer de helft van de wereldbevolking drager van nieuw ontdekte bacteriofaag
ArrayVirale verstekeling ontdekt in de darm
Een groep wetenschappers, onder wie Bas E Dutilh van het Radboudumc, heeft een nieuwe virale verstekeling in de menselijke darmen ontdekt. Veel kans dat de verstekeling, een bacteriofaag die door de ontdekkers crAssphage wordt genoemd, ook in uw darmen zit. De opmerkelijke vondst is vandaag gepubliceerd in Nature Communications.
Metagenomics is een techniek waarmee je een complete verzameling micro-organismen, zoals onze complete darmflora, tegelijk kunt screenen op al het aanwezige genetische materiaal. Virale metagenomics screent, zoals de naam al aangeeft, het genetische materiaal van alle aanwezige virussen. “Bij zo’n analyse worden allerlei fragmenten gevonden die we (nog) niet meteen kunnen thuisbrengen”, zegt Bas E. Dutilh, die als bio-informaticus is verbonden aan het Centrum voor Moleculaire en Biomoleculaire Informatica (CMBI) van het Radboudumc.
Onbekende fragmenten
Tijdens zijn verblijf in San Diego State University in Californië stuitte Dutilh, samen met collega’s, per toeval op een nieuw virus. Dutilh: “In de ontlasting van twaalf mensen vonden we bij iedereen dezelfde virale DNA-fragmenten. Fragmenten die we niet kenden. Vervolgens zagen we onder andere in het Human Microbiome Project (HMP), een grote databank van het National Institute of Health, dat die fragmenten ook in andere gezonde proefpersonen heel vaak opdoken.”
Bacteriofaag
Wat voor virus is het dan? Dutilh: “Door de fragmenten te combineren kregen we een genoom, een erfelijke code, die tien keer langer is dan bijvoorbeeld het HIV genoom. Een groot deel van de bijbehorende eiwitten in die code was volslagen nieuw en onbekend, maar een deel ervan kennen we van andere virussen. Op grond daarvan weten we dat het om een bacteriofaag gaat, een virus dat bacteriën infecteert en gebruikt om zich te vermenigvuldigen.”
In halve wereldbevolking
Bacteriofaag crAssphage, zoals het virus is gedoopt, kent nog veel geheimen. Het virus is moeilijk te isoleren en ook de infectieroute is nog onbekend. Dutilh: “We vinden het virus niet of nauwelijks in jonge kinderen. Kennelijk wordt het niet bij de geboorte overgebracht van moeder op kind, maar pas later in het leven.” Daarnaast is het opvallend dat het virus in zo ontzettend veel mensen voorkomt. “Tot dusver dachten we dat iedereen zeer specifieke, eigen darmvirussen had, maar crAssphage maakt duidelijk dat het omgekeerde ook het geval kan zijn. Het zou hier zomaar kunnen gaan om een oeroud virus, dat volgens onze schatting bij tenminste de helft van de wereldbevolking in de darmen zit. We hebben het voorlopig gevonden in poepmonsters uit Europa, Amerika, en Azië.”
Speculatie
In het artikel in Nature Communications, waar de onderzoekers hun vondst openbaar maken, beschrijven ze ook op welke bacteriën het virus het heeft gemunt. “Het gaat om Bacteroïdes, een groep bacteriën die vooral in het laatste deel van het darmkanaal overvloedig aanwezig zijn”, zegt Dutilh. Bacteroïdes bacteriën worden soms in verband gebracht met ziekten als dikke darmkanker en obesitas. Aanleiding om te denken aan een mogelijke rol van crAssphage bij maagdarmziekten? Voorlopig is dat nog erg speculatief, meent Dutilh, en bovendien is het virus ook zonder die link interessant genoeg. “Toen ik onze resultaten vorige week op een wetenschappelijke conferentie in Zürich presenteerde, wilden veel bacteriofaagonderzoekers crAssphage onmiddellijk gaan isoleren en verder gaan onderzoeken.”
