Erasmus MC zet Oracle’s Exadata in voor DNA-onderzoek

Grootste academisch ziekenhuis versnelt query-responstijden aanzienlijk
Het Erasmus MC in Rotterdam gaat Oracle’s Exadata inzetten voor het opslaan en analyseren van DNA-variatiegegevens.
Het universitair medisch centrum beperkt daarmee de benodigde opslagruimte voor de enorme hoeveelheden data aanzienlijk en query-responstijden van 12 minuten worden met Exadata terug gebracht naar enkele seconden.
In de nabije toekomst bestaat de kans dat ziekenhuizen DNA-data beschikbaar moeten houden zolang de patient in leven is. DNA sequencing technologie zal vooral ingezet gaan worden in erfelijkheidsonderzoek en kanker diagnostiek.
Daarnaast is een en ander tevens toepasbaar in microbiologie en het domein van de virologie.
Een gemiddeld DNA-onderzoek resulteert in 1,5 TB aan ruwe data per persoon. Bij kankeronderzoek wordt DNA van een tumor met DNA van normaal weefsel, afkomstig van dezelfde patient, met elkaar vergeleken. Er is dus al sprake van 3 TB aan ruwe data. Dit betekent dat bio-informatica afdelingen te maken krijgen met enorme hoeveelheden data die moeten worden opgeslagen en geïnterpreteerd.
Na een eerste demonstratie van Exadata door Oracle partner VX Company heeft Oracle samen VX Company en het bio-informatica team van Erasmus MC een speciaal datamodel ontwikkeld dat op de Exadata draait.
Momenteel onderzoeken de wetenschappers de mogelijkheden de compressie te optimaliseren. Daarmee is het mogelijk om meer patientengegevens op te slaan en worden de query-responstijden versneld voor de genoom-variatieanalyse.
Exadata is daarnaast goed schaalbaar. Om eenvoudig te kunnen opschalen als de behoefte aan storage en processing kracht toeneemt naar mate er meer ‘patienten-genomen’ gesequenced zijn, maakt Oracle gebruik van een ‘legoblok principe’. Het kleinste model is een 1/4 rack machine, dat kan worden uitgebreid tot een halve of uiteindelijk een full rack machine. De configuratie is zelfs uit te bouwen tot een cluster van 8 full-rack machines.

Ondersteunende quotes:
Prof. Dr. Peter J. van der Spek van Erasmus MC: “Het DNA van een mens telt ongeveer 30.000 genen. Die kunnen door middel van een zogenaamde sequencing-techniek helemaal in kaart worden gebracht. Uitgeprint betekent dat een sliert papier van 250 kilometer lang. Die 30.000 genen liggen verscholen in 3 miljard bouwstenen. Hierin zoekt een bio-informaticus naar “typefouten” en kan de dokter afleiden of er sprake is van een mutatie (een ziek makende verandering in het DNA). DNA-onderzoek is tegenwoordig dus in sterke mate afhankelijk van IT. In Rotterdam werken we met de vermaarde derde generatie DNA-sequencing technologie, waardoor we wereldwijd een voorbeeld zijn met onze database voor andere medische centra. Oracle Exadata vormt hierin een belangrijke schakel.”
Eric Zwanenburg, Account Manager Health bij Oracle: “Exadata heeft de norm voor prestaties van een database enorm verhoogd. Queries zijn van 12 minuten naar enkele seconden terug te brengen. Daarnaast beschikt Oracle Exadata over een compressietechniek, waarmee de afdeling bio-informatica van het Erasmus MC de opslagcapaciteit met factor 10 kan verhogen. Door deze nieuwe technologie is het mogelijk snel complexe analyses te verrichten.”

Oracle Exadata
Erasmus MC

Over Erasmus MC
Erasmus MC is het grootste en wetenschappelijk meest toonaangevende Universitair Medisch Centrum van Nederland. Bijna 13.000 medewerkers werken binnen de kerntaken patientenzorg, onderwijs en wetenschap continu aan een verbetering en versterking van de individuele patientenzorg en de maatschappelijke gezondheidszorg. Zij ontwikkelen hoogwaardige kennis, dragen dit over aan toekomstige professionals en passen dit toe in de zorg voor patienten. De komende vijf jaar wil Erasmus MC uitgroeien tot één van de beste medische instituten in de wereld. Erasmus MC maakt deel uit van de Nederlandse Federatie van Universitair Medische Centra (NFU). Zie www.nfu.nl

Redactie Medicalfacts/ Janine Budding

https://www.medicalfacts.nl

Ik heb mij gespecialiseerd in interactief nieuws voor zorgverleners, zodat zorgverleners elke dag weer op de hoogte zijn van het nieuws wat voor hen relevant kan zijn. Zowel lekennieuws als nieuws specifiek voor zorgverleners en voorschrijvers. Social Media, Womens Health, Patient advocacy, patient empowerment, personalized medicine & Zorg 2.0 en het sociaal domein zijn voor mij speerpunten om extra aandacht aan te besteden.

Ik studeerde fysiotherapie en Health Care bedrijfskunde. Daarnaast ben ik geregistreerd Onafhankelijk cliëntondersteuner en mantelzorgmakelaar. Ik heb veel ervaring in diverse functies in de zorg, het sociaal domein en medische-, farmaceutische industrie, nationaal en internationaal. En heb brede medische kennis van de meeste specialismen in de zorg. En van de zorgwetten waaruit de zorg wordt geregeld en gefinancierd. Ik ga jaarlijks naar de meeste toonaangevende medisch congressen in Europa en Amerika om mijn kennis up-to-date te houden en bij te blijven op de laatste ontwikkelingen en innovaties. Momenteel ben doe ik een Master toegepaste psychologie.

De berichten van mij op deze weblog vormen geen afspiegeling van strategie, beleid of richting van een werkgever noch zijn het werkzaamheden van of voor een opdrachtgever of werkgever.