Cartagenia lanceert softwareplatform Bench for Oncology voor ondersteuning variantbeoordeling en rapportage tumoranalyse
Array
Nederlands Kanker Instituut (NKI) een van de eerste klanten
BOSTON en LEUVEN,Cartagenia levert software-gebaseerde werkstroomondersteuning van genetische laboratoria en clinici voor beoordeling van afwijkingen, labraportage en integratie van diagnostische kennisbases, kondigde vandaag de lancering aan van Bench for Oncology, een nieuw softwareplatform dat pathologielaboratoria helpt bij de uitvoer van variantbeoordelingen en rapportagetaken bij de analyse van tumoren.
Bench for Oncology, ontworpen voor gebruik in een klinische, diagnostische context, is de nieuwste loot in Cartagenia’s suite Bench-producten voor datamanagement en ondersteuning van klinische interpretatie. Laboratoria kunnen hiermee snel en efficiënt informatie over genvolgorde op tumorsteekproeven beoordelen, de informatie in een context plaatsen met betrekking tot dat wat bekend is over dat type tumor, en het opstellen van labrapporten automatiseren.
“De opkomst van Next Generation Sequencing (NGS) betekent een significante verandering in de werkwijze van laboratoria”, zegt Steven Van Vooren, een van de wetenschappelijk oprichters van Cartagenia. “Laboratoria moeten als gevolg van de introductie van NGS veel meer data verwerken, terwijl ze nog steeds moeten voldoen aan het krappe tijdschema binnen de oncologie. Bench for Oncology is ontworpen om hen hierbij te helpen.”
Cartagenia heeft al licentieovereenkomsten getekend met een groot aantal laboratoria in Europa en de Verenigde Staten die nu het platform in een diagnostische setting introduceren – waaronder het Nederlands Kanker Instituut (NKI), een toonaangevend Europees kankercentrum, dat internationaal voorop loopt op het gebied van kankeronderzoek en –behandeling. Cartagenia heeft nauw samengewerkt met het NKI en andere centra en pathologische laboratoria, om ervoor te zorgen dat het platform aan de verschillende behoeften voldoet.
Bench for Oncology biedt verschillende mogelijkheden; pathologische laboratoria kunnen bijvoorbeeld hun kennisbasis met informatie over varianten, genen, medicijnen en onderzoeken eenvoudig structuur geven en actiegerichte bevindingen bijhouden. De variantbeoordelingen en rapportagepijplijnen van het lab worden ermee geautomatiseerd en er wordt tijd bespaard door het wegnemen van de noodzaak voor handmatige zoekopdrachten en onderzoek.
Maartje Vogel, Laboratoriumspecialist Klinische Genetica bij DNA Diagnostiek op de afdeling Pathologie van het NKI, zei: “Het automatiseren van onze protocollen voor variantbeoordelingen is voor ons essentieel bij het sneller kunnen afronden van ons werk. Met Bench for Oncology zijn onze classificatiepijplijnen voor varianten vooraf door ons geconfigureerd in werkstromen, waardoor we ons snel kunnen richten op die varianten die er toe doen. Combineer dat met het feit dat alle relevante kennis, opmerkingen en databases in dit herzieningsproces voor varianten zijn geïntegreerd, en je hebt een zeer krachtige rapportagepijplijn waarmee we duidelijke en informatieve labresultaten voor de oncologen kunnen opstellen – en we kunnen dit snel doen.”
CEO van Cartagenia, Herman Verrelst, gaf aan dat hij erg tevreden is met het uitrollen van het Bench for Oncology-platform bij het NKI – een van de belangrijkste kankercentra in Europa. Hij ziet de relatie tussen Cartagenia en NKI als een groeiende en dynamische samenwerking.
“Wij kijken uit naar een doorlopende samenwerking met een prestigieus centrum als het NKI, in eerste instantie in haar blijvende inspanning voor het stroomlijnen van de diagnostische werkstroom, maar ook voor de integratie van onze oplossing in de NKI datawarehousing- en informatica-omgeving”, zei Verrelst.
Automatisering van de variantbeoordeling en rapportageprotocollen van het lab
De nauwe samenwerking met laboratoria voor pathologie was van essentieel belang bij het creëren van de unieke eigenschappen van Bench for Oncology, voegde Van Vooren toe.
“Door de nauwe samenwerking met de laboratoria werd het direct duidelijk dat er een sterke behoefte aan automatisering was. Annotatie van varianten en beoordelingsprotocollen dienen gestandaardiseerd en geautomatiseerd te worden zodat er tijd kan worden besteed aan daadwerkelijke en actiegerichte informatie’, zei Van Vooren.
Bench for Oncology zorgt precies voor deze instrumenten in het laboratorium, waarbij wordt voortgebouwd op een robuust platform voor versiebepaling en audittrials, werkstroomondersteuning, automatisering van variantbeoordelingen en classificatieprotocollen, en het opstellen van labrapporten.
Ondersteuning van toegang tot alle relevante kennisbronnen
“Automatisering is van essentieel belang voor de omlooptijden, maar het is slechts één stukje van de puzzel”, zegt Van Vooren. “Voor pathologische laboratoria die NGS introduceren is het net zo belangrijk om alle relevante kennis paraat te hebben – publieke informatie over kankermutaties, medicijnen en onderzoek, samen met de groeiende interne kennisbasis van het laboratorium over actiegerichte varianten, eerdere bevindingen en rapporten, goedgekeurde medicijnen en hun waarschijnlijke therapeutische effectiviteit in de context van de moleculaire opmaak, off-label medicijnen die relevant zijn voor het volledig beschrijven van de behandelmogelijkheden van een patiënt, en klinische trials die voor de patiënt beschikbaar zijn.”
Externe kennispartnerschappen
Omdat elke tumor uniek is kan domeinspecifieke expertise die is toegesneden op elke individuele patiënt essentieel zijn voor het rapporteren van gepersonaliseerde en informatieve diagnose- en behandelingsmogelijkheden. Sommige laboratoria hebben een groot deel van de benodigde interpretatie-expertise in huis en zullen profiteren van de kennisbeheerinstrumenten van Bench for Oncology voor het structureren van informatie en automatisering van het gebruik hiervan. Andere laboratoria vertrouwen liever op interpretatie door externe experts en curatiepartners die zorgen voor actuele en geavanceerde informatie over behandelingsmogelijkheden als professionele dienstverlening.
Om deze redenen is Cartagenia Bench Oncology opgebouwd rond een kennisintegratie-raamwerk dat toegang ondersteunt tot meerdere in de branche toonaangevende kennisdienstverleners. Deze kennispartners zijn gespecialiseerd in het aanbieden van op maat gemaakte, door experts beoordeelde informatie voor elk moleculair profiel, waarmee de automatisering en labspecifieke kennisintegratie die al door Bench Oncology wordt aangeboden wordt aangevuld.
“Wij hebben ervoor gekozen een daadwerkelijk raamwerk op te stellen waarop het pathologielab haar eigen expertkennis kan integreren en, indien gewenst, samen te werken met een of meer externe dienstverleners die de expertise van het laboratorium aanvullen met patiëntspecifieke behandelingsmogelijkheden,” voegde Verrelst toe. “Zo zorgen wij voor een daadwerkelijk sluitende oplossing, waarmee het laboratorium toegang heeft tot informatie over alle behandelingsmogelijkheden, en het de best mogelijke rapporten kan opmaken voor oncologen en verwijzers.”
Cartagenia heeft overeenkomsten gesloten met een aantal toonaangevende kennisverleners die zorgen voor kenniscuratie op actiegerichte varianten, medicijnen en testen, en zal deze partnerschappen binnenkort aankondigen.
Over Cartagenia
Cartagenia levert diagnostische ondersteuningssoftware, databasesystemen en aanverwante diensten aan genetische laboratoria en clinici, waarmee zij snel en efficiënt klinisch relevante genetische analyses uit kunnen voeren, en patiënten en zorgverleners genetische interpretatie en zorg van hoge kwaliteit kunnen bieden.
Met Cartagenia Bench Lab kan de automatisering van protocollen voor variantbeoordelingen en aanmaak van labrapporten voor structurele en moleculaire afwijkingstesten zoals Arrays, Sanger en Next Generation Sequencing bereikt worden. Het zorgt voor ondersteuning van communicatie met verwijzende artsen, en laboratoria en clinici kunnen afwijkingen zo in hun klinische context plaatsen. Ook zorgt het voor ondersteuning van betrouwbare dataoverdracht.
Het Cartagenia Bench-platform is opgesteld in samenwerking met genetische laboratoria en klinische experts die zich bezighouden met de dagelijkse medische praktijk. Zo houdt Bench Lab zich bezig met de specifieke behoeften van genetische diagnostische laboratoria en clinici.
Cartagenia Bench is gecreëerd met behulp van een gecertificeerd ISO13485 Kwaliteitsbeheersysteem en is geregistreerd bij de FDA als een vrijgesteld Medisch Hulpmiddel Klasse I in de Verenigde Staten en als Medisch Hulpmiddel Klasse I in Europa in overeenstemming met de essentiële vereisten en voorwaarden van de Richtlijn 93/42/EEC van de Raad aangaande medische hulpmiddelen en met de relevante geharmoniseerde normen EN ISO62304.
